FFPE石蜡样本多组学解决计划
福尔马林牢靠石蜡包埋（Formalin Fixed Paraffin Embedded，，FFPE）样本是临床上恒久生涯病理样本的常用要领，，可以和临床数据（如患者临床资料，，患者生涯预后信息，，用药和治疗疗效等）相关联，，为确定疾病的爆发生长机制研究、生物标记物和药物靶标提供了重大的资源，，是举行回首性研究的不二之选。。。。但FFPE处置惩罚会使组织中的核酸爆发差别水平的降解，，在已往由于手艺受限使FFPE样本无法施展自身的价值。。。。随着手艺的一直突破，，针对石蜡样本提供了全套的解决计划。。。。
1、单细胞转录组解决计划---10x Genomics Flex
10x Genomics Flex可锁定 RNA 的瞬时表达状态，，解决了单细胞样本贮存运输、多样本批量处置惩罚以及混样测序的问题。。。。针对FFPE样本，，使用二jia ben脱蜡，，使用胶原酶、胰卵白酶等多种酶来消化组织，，制备单细胞悬浮液，，进而抽核获得细胞核样本；；；；；建库时接纳靶向基因的探针对杂交目的 RNA 分子后毗连的原理，，进而完成文库构建的历程。。。。10x Genomics Flex可以用来剖析数千个至数万个细胞核的基因表达，，能够对人或小鼠的 FFPE 样本举行单细胞转录组剖析。。。。
图1. 10x Genomics Flex事情流程
应用案例：FFPE组织的单细胞+空转+原位剖析联合绘制高区分率乳腺癌微情形图谱
该研究对一个乳腺癌FFPE 样本举行一连切片，，接纳单细胞基因表达（Flex，，scFFPE-seq），，空间转录组（Visium CytAssist）和原位手艺（Xenium）对乳腺癌FFPE 样本举行检测。。。。通过这三种数据的联合剖析，，实现了FFPE样本单细胞水平下基因表达，，空间信息及原位基因表达信息的整合。。。。其中Flex和CytAssist数据联合剖析判断出17种差别的细胞类型，，再通过将转录本映射到 Xenium中，，以单细胞区分率在空间层面上剖析这些细胞类型及其基因表达特征，，从而展示了样本高空间区分的全转录组信息。。。。
图2. FFPE Flex和CytAssist的细胞类型注释
2、空间转录组解决计划--- Cytassist & HD
10X Visium Cytassist
10x Visium CytAssist手艺计划一经推出就备受瞩目，，不但完善解决了古板计划在FFPE样本的痛点，，并且对样本要求更低，，以卓越的数据体现备受好评。。。。；；；；贑ytAssist仪器举行检测，，可凭证组织巨细举行无邪选用（6.5mm×6.5mm 或11mm×11mm）。。。。
图3. 10x Visium CytAssist玻片
10X Visium HD
与标准Visium完全差别，，相比于标准Visium的55 μm 点阵、六边形排列的信号点，，HD则接纳了2 μm的方形一连网格图案，，相互之间没有间隙，，大大提升了信号密度，，可以实现单细胞的区分率。。。。Visium HD平台提供了全转录组测序，，兼容物种为人和小鼠，，兼容组织类型是FFPE组织样本。。。。Visium HD支持定位组织驻留细胞群，，包括免疫细胞或癌细胞，，发明它们的相互作用和对疾病或治疗反应的孝顺。。。。
图4. 10x Visium HD玻片
应用案例：10x HD空转剖析肠癌微情形
Visium HD的单细胞区分率能够绘制差别的免疫细胞群，，并评估肿瘤界线的差别基因表达，，以探索免疫细胞群在TME中的潜在孝顺。。。。结直肠癌是一种影响结肠或直肠的癌症，，是全天下最常见的癌症类型之一，，可以导致严重危险和殒命，，结直肠癌的危害随着年岁的增添而增添。。。。该研究将全转录组和靶向原位空间手艺相连系，，深入地展现了TME的重大性和动态性，，突出了空间情形对明确癌症异质性和希望的主要性。。。。
图5. 研究蹊径
3、FFPE转录组解决计划
转录组研究关于明确基因组功效元件、展现细胞及组织中分子组成以及探索机体发育和疾病机制具有主要作用。。。。通过高通量测序对FFPE中lncRNA 和mRNA举行测序剖析。。。。
石蜡样本实测数据显示：
1）取4个差别降解水平的FFPE-RNA样本(DV200在60%-80%之间)，，用其举行文库制备文库及NGS剖析。。。。
2）4个FFPE样本的基因组比对率均在85%以上，，且均有较高的转录本检测数。。。。
图6.各样本FPKM小提琴图
4、卵白组解决计划---4D DIA & Astral卵白组
基于FFPE样本开展差别卵白质组学研究，，可以充分使用有数疾病或肿瘤等样本，，研究疾病发病机制，，发明与疾病诊断、分型、预后与治疗亲近相关的生物标记物。。。。接纳DIA或 Astral手艺举行全景式的数据收罗，，无遗漏地获得样本中所有离子的所有碎片信息，，更洪流平判断样本中的低品貌卵白。。。。
FFPE实测数据显示：
连系SDS PAGE条带和卵白总量举行质检判断，，用其举行质谱剖析。。。。
FFPE样本的卵白判断数可抵达4000+。。。。
图7.FFPE SDS PAGE效果
5、基因组解决计划---WES
全外显子组测序(whole exome sequencing, WES)指使用捕获手艺将全基因组的外显子区域DNA捕获富集后举行高通量测序，，能够直接发明与卵白质功效变异相关的单核苷酸位点变异（Single nucleotide variants，，SNV）、插入缺失位点（InDel，，Insertion/Deletion）和结构变异位点（SV，，Structure Variation）等信息。。。。以人类基因组为例，，虽然外显子(卵白质编码区)只占基因组的1%，，但人类基因组85%致病突变都在外显子区域，，因此具有主要意义。。。。
FFPE WES实测数据显示：
平均捕获率（ontarget ratio）可抵达60%-80%以上。。。。
参考文献
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