文献速递 | 转录组多组学在免疫调控中的应用
本期收录了近期关于转录组多组学手艺在免疫调控中的应用相关高分文章。。。
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转录组多组学它可以连系卵白组学、代谢组学、表观遗传学等多个层面的数据，，从而提供更周全、深入的信息，，有助于明确免疫系统的重大性和调控网络，，以探索免疫调控的分子机制和生物学历程。。。通过转录组学剖析，，可以判断在免疫细胞中差别心理或病理状态下差别表达的基因，，从而发明调控免疫历程的要害基因和信号通路，，判断与免疫疾病相关的潜在生物标记物，，从而增进早期诊断和治疗的生长。。。连系多组学的数据可以举行网络剖析和功效注释，，展现免疫调控相关基因和它们相互作用和调控机制，，以及其在免疫历程中的功效和调理作用。。。深入研究免疫系统的分子机制和调控网络。。。这种综合要领有助于展现免疫细胞功效、寻找新的治疗靶点和开发个体化免疫治疗战略。。。
1 .活性嗜酸性粒细胞调理结肠炎的宿主防御和免疫反应
Active eosinophils regulate host defence and immune responses in colitis
揭晓期刊：Nature Communication
影响因子：16.6
揭晓时间：2023.3.18
DOI：10.1038/s41586-022-05628-7
摘 要
玄色素瘤患者对免疫检查点抑制剂疗法的耐药性很常见，，这仍然是一个棘手的临床难题。。。在这项研究中，，我们周全剖析了短期肿瘤细胞系和玄色素瘤患者在使用免疫检查点抑制剂治疗历程中爆发的抑制剂耐药机制。。。连系基因组、转录组和高维流式细胞剖析以及功效剖析，，我们确定了三种差别的免疫疗法耐药程序。。。研究发明：（1）肿瘤内在 IFNγ 信号传导和玄色素瘤去分解导致的野生型抗原表达缺失；；（2）通过影响 MHC 表达的多种自力机制破损抗原呈递；；（3）PTEN 缺失相关的免疫细胞倾轧。。。在玄色素瘤对免疫检查点抑制的耐药性中，，抗原天生和递呈受损起着主导作用，，这凸显了旨在恢复 MHC 表达、刺激先天性免疫和重新表达野生型分解抗原的治疗拯救战略的主要性。。。
2 .类风湿性枢纽炎的免疫学剖析确定前体树突状细 胞是治疗耐药性的要害细胞亚群
Immunomics analysis of rheumatoid arthritis identified precursor dendritic cells as a key cell subset of treatment resistance
揭晓期刊：Annals of the Rheumatic Diseases
影响因子：27.4
揭晓时间：2023.6
DOI:10.1136/ard-2022-223645
摘 要
关于类风湿性枢纽炎（RA）中潜在的可变治疗反应的免疫学知之甚少。。。我们对外周血免疫细胞亚群举行了转录组剖析和质谱细胞术，，以判断展望治疗耐药性的免疫细胞。。。
我们疏散了18名需要增添新疗法的RA患者的55个外周血免疫细胞亚群和39名康健比照，，并举行了RNA测序。。。系统表征RA的转录组转变和治疗效果。。。评估免疫细胞基因？？？？橛胫瘟颇鸵┬灾涞墓亓。。。我们使用定量PCR（qPCR）和质谱细胞术剖析行列验证了已确定的治疗耐药性参数的展望价值。。。我们还通过滑膜单细胞RNA测序剖析表征了已判断的群体。。。效果发明RA患者的免疫细胞特征为滋扰素增强和IL6-JAK-STAT3信号传导，，显示治疗后部分正；；。。。反应树突状细胞前体（pre-DC）扩增的浆细胞样树突状细胞（pDC）的基因表达？？？？橛胫瘟颇鸵┬蕴逑殖鲎钋康南喙匦。。。I型滋扰素信号传导与DC前基因表达呈负相关。。。自力行列中的qPCR和质谱细胞术剖析证实，，在治疗前，，难治患者的前DC相关基因表达和前DC的比例显着更高。。。一组滑膜 DC 体现出前 DC 和促炎通例 DCs 的两种特征。。。
3 .肺泡巨噬细胞的训练免疫通过 KLF4-MERTK 介导的流出细胞作用增强了损伤缓解能力
Trained immunity of alveolar macrophages enhances injury resolution via KLF4-MERTK-mediated efferocytosis
揭晓期刊：Journal of experimental medicine
影响因子：15.3
揭晓时间：2023.11
DOI：10.1084/jem.20221388
摘 要
最近的研究批注，，通过重复的有害刺激训练组织驻留巨噬细胞等先天性免疫细胞，，可以增强宿主的防御反应。。。然而，，组织驻留巨噬细胞经由训练后的免疫能力是否也能增强损伤的解决能力，，从而抵消炎症反应的增强，，这一点仍不清晰。。。在这里，，我们研究了预先用细菌内毒素或铜绿假单胞菌挑战的肺驻留肺泡巨噬细胞（AMs），，视察到这些训练有素的巨噬细胞对病原体诱导的细胞殒命体现出更强的回复力。。。转录组剖析和功效测试批注，，训练有素的AMs具有更强的细胞碎片倾轧能力和损伤消解能力。。。单细胞高维质谱剖析和系谱追踪批注，，训练可诱导具有促消融表型的MERTKhiMarcohiCD163+F4/80-low肺驻留AM亚群扩增。。。重新编程后的AM在转录因子KLF4的介导下上调了渗透受体MERTK的表达。。。受体小鼠袒露于致命的铜绿假单胞菌后，，这些训练有素的AMs的接纳性转移限制了受体小鼠的肺部炎症损伤。。。因此，，UG环球研究发明了组织驻留的训练有素的巨噬细胞亚群，，它们能在病原体重复挑战后避免太过炎症并恢复组织稳态。。。
参考文献
Yamada S, Nagafuchi Y, Wang M, Ota M, Hatano H, Takeshima Y, Okubo M, Kobayashi S, Sugimori Y, Masahiro N, Yoshida R, Hanata N, Suwa Y, Tsuchida Y, Iwasaki Y, Sumitomo S, Kubo K, Shimane K, Setoguchi K, Azuma T, Kanda H, Shoda H, Zhang X, Yamamoto K, Ishigaki K, Okamura T, Fujio K. Immunomics analysis of rheumatoid arthritis identified precursor dendritic cells as a key cell subset of treatment resistance. Ann Rheum Dis. 2023 Jun;82(6):809-819. doi: 10.1136/ard-2022-223645. Epub 2023 Mar 14. PMID: 36918189; PMCID: PMC10314026.
Chakraborty S, Singh A, Wang L, Wang X, Sanborn MA, Ye Z, Maienschein-Cline M, Mukhopadhyay A, Ganesh BB, Malik AB, Rehman J. Trained immunity of alveolar macrophages enhances injury resolution via KLF4-MERTK-mediated efferocytosis. J Exp Med. 2023 Nov 6;220(11):e20221388. doi: 10.1084/jem.20221388. Epub 2023 Aug 24. PMID: 37615937; PMCID: PMC10450795.
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