文献速递 | 转录组在慢性炎症研究中的应用
转录调控是指在基因表达历程中 ，，，，，，通过种种调理机制对转录历程举行调控 ，，，，，，从而控制基因的表达水平。。。在慢性炎症中 ，，，，，，转录调控起着主要的作用。。。慢性炎症通常与免疫系统的异常唬；罨鸵涣字⒎从τ泄。。。在炎症历程中 ，，，，，，一系列的信号通路被激活 ，，，，，，引发了许多炎症相关基因的表达和转录调控的改变。。。转录可以通过多种机制实现 ，，，，，，包括转录因子的活化或抑制、染色质结构的改变、非编码RNA的加入等。。。在慢性炎症历程中 ，，，，，，一些转录因子如核因子-κB（NF-κB）、细胞因子信号转导和转录激活子（STAT）家族等被激活或太过激活 ，，，，，，从而调控炎症相关基因的转录。。。别的 ，，，，，，染色质的开放和关闭状态也对基因的转录调控至关主要。。。
通过转录组剖析 ，，，，，，我们可以相识到在慢性炎症中受影响的基因和转录调控的转变。。。这些信息有助于我们明确炎症爆发的分子机制 ，，，，，，并可能展现新的治疗靶点。。。例如 ，，，，，，通过干预转录因子的活性 ，，，，，，可以调理炎症相关基因的表达 ，，，，，，以实现对慢性炎症的治疗 ，，，，，，为慢性炎症治疗提供新的思绪。。。
组学促销
UG环球生物现推出组学运动促销（Illumina）
1. 真核有参转录组（6G） 549元/样
2. miRNA测序（10M） 1400元/样
1 .AP-1 是小鼠肾脏和肝脏炎症反应的调控转录因子
文章问题：AP-1 is a regulatory transcription factor of inflammaging in the murine kidney and liver
揭晓期刊：Aging Cell
. 影响因子：7.8
中科院分区：1区
揭晓时间：2023.7
摘要
朽迈 ，，，，，，是许多与朽迈相关的慢性疾病的主要危害因素。。。然而 ，，，，，，差别组织炎症的机制和调控网络尚未完全剖析。。。在这里 ，，，，，，我们剖析了年轻小鼠和老龄小鼠肾脏和肝脏的转录组和表观基因组 ，，，，，，发明炎症反应的激活是这两种组织的守旧特征。。。别的 ，，，，，，我们还通过整合剖析展现了转录组转变与染色质动态之间的联系 ，，，，，，并发明 AP-1 和 ETS 家族转录因子 (TF) 是炎症反应的潜在调控因子。。。进一步的原位验证显示 ，，，，，，c-JUN（AP-1 家族成员之一）主要在老化的肾脏和肝脏细胞中被激活 ，，，，，，而 SPI1（ETS 家族成员之一）的增添则主要是由巨噬细胞的大宗浸润诱导的 ，，，，，，这批注这些 TFs 在炎症中具有差别的机制。。。功效数据批注 ，，，，，，基因敲除 AP-1 家族的主要成员 Fos 能显著减轻晚年肾脏和肝脏的炎症反应。。。综上所述 ，，，，，，UG环球研究效果展现了肾脏和肝脏炎症反应的守旧特征和调控TFs ，，，，，，为开发抗朽迈干预步伐提供了新的靶点。。。
2 .识别银屑病患者的新型免疫亚型和潜在枢纽基因
文章问题：Identification of novel immune subtypes and potential hub genes of patients with psoriasis
揭晓期刊：Journal of Translational Medicine
影响因子：7.4
中科院分区：1区
揭晓时间：2023.3.8
摘要
牛皮癣是一种常见的慢性复发性免疫相关性炎症性皮肤病。。。银屑病患者复发主要是由免疫反应障碍引起的。。。因此 ，，，，，，UG环球研究旨在识别新的免疫亚型 ，，，，，，并选择靶向药物对差别亚型的银屑病举行精准治疗。。。从银屑病中判断出182个差别表达的银屑病基因GSE14905行列 ，，，，，，其中99个基因显着上调 ，，，，，，83个基因下调。。。然后 ，，，，，，我们对牛皮癣上调基因举行了功效和疾病富集。。。唬；竦2个银屑病的潜在枢纽基因 ，，，，，，包括SOD1、PGD、PPIF、GYS1和AHCY。。。枢纽基因的高表达在人银屑病样本中获得验证。。。值得注重的是 ，，，，，，牛皮癣的两种新型免疫亚型被确定并界说为C2和C1。。。生物信息学剖析批注 ，，，，，，C2和C1在免疫细胞中的富集水平差别。。。别的 ，，，，，，还评估了适用于差别亚型的候选药物和作用机制。。。
3 .转录组剖析治疗无效的儿科溃疡性结肠炎患者并探索潜在的疾病发病机制
文章问题：Transcriptomic analyses of treatment-naïve pediatric ulcerative colitis patients and exploration of underlying disease pathogenesis
揭晓期刊：Journal of Translational Medicine
影响因子：7.4
中科院分区：1区
揭晓时间：2023.1.16
摘要
溃疡性结肠炎（UC）是一种非特异性慢性炎症性肠病。。。本研究接纳RNA测序（RNA-Seq）要领 ，，，，，，通过与康健比照组儿童举行较量 ，，，，，，评估了分层明确、未经治疗的小儿UC患者的转录组情形。。。通过对数据举行剖析 ，，，，，，评估了UC相关肠道炎症和纤维化的驱念头制。。。
通过RNA-Seq剖析了五名小儿UC患者和五名康健比照者的肠粘膜样本 ，，，，，，并通过qPCR验证了效果。。。通过 CRISPR/Cas9 要领敲除了 HLA-DRB5 的表达 ，，，，，，并使用分子生物学手艺举行了其他机理研究。。。在这些剖析中 ，，，，，，发明 2290 个基因在 UC 样本和比照样本之间保存差别表达 ，，，，，，其中上协调下调的基因划分为 1258 个和 1032 个。。。唬；虮咎迤饰雠 ，，，，，，这些基因富集于细胞外基质（ECM）相关历程 ，，，，，，8个差别表达的相关基因中有7个（PIK3CD、IL1β、IL1α、TIMP1、MMP1、MMP12、COL6A3和HLADRB5）上调 ，，，，，，加入了ECM-受体相互作用和炎症性肠病相关途径。。。研究发明 ，，，，，，肠道细菌驱动的 HLA-DRB5 表达增添会增进 IL-1α 的渗透 ，，，，，，导致肠道炎症和纤维化 ，，，，，，这可能是治疗 UC 的一个靶点。。。
参考文献
Li Y, Li L, Tian Y, Luo J, Huang J, Zhang L, Zhang J, Li X, Hu L. Identification of novel immune subtypes and potential hub genes of patients with psoriasis. J Transl Med. 2023 Mar 8;21(1):182. doi: 10.1186/s12967-023-03923-z. PMID: 36890558; PMCID: PMC9993638.
Pang X, Song H, Li X, Xu F, Lei B, Wang F, Xu J, Qi L, Wang L, Tan G. Transcriptomic analyses of treatment-naïve pediatric ulcerative colitis patients and exploration of underlying disease pathogenesis. J Transl Med. 2023 Jan 16;21(1):30. doi: 10.1186/s12967-023-03881-6. PMID: 36647141; PMCID: PMC9843999.
# END #
// 免责声明
* 文章内容泉源于“元莘生物 Origingene”公众号 ，，，，，，转载文章仅供分享 ，，，，，，若有涉及版权问题 ，，，，，，请实时与我们联系 ，，，，，，我们将给予删除或下线处置惩罚。。。
营业咨询
更多运动详情可咨询（微信/电话）：15800353038
扫一扫 ，，，，，，反响目今页面
7*12在线客服 ，，，，，，效劳咨询
倾耳聆听 ，，，，，，一个事情日内实时处置惩罚
15800353038
UG环球生物
